1954-ben, nemzetközi magcserével kezdték szaporítani a fákat és cserjéket. A fejlődő botanikus kertet szaporítóanyaggal, csemetékkel segítették a hazai társintézmények,arborétumok, faiskolák is.
1955-ben kezdték kialakítani a sziklakerti gyűjteményt az üvegház előtti szaporító telepen. A régi sziklakertek felújítása a Sziklás-tó meredek domboldalain túl költségesnek tűnt, ezért 1969–1973 között új, kisebb sziklakertet építettek.
1961-ben készült el a szaporítóház és az orchideaház. 1964-ben egy gépszínt alakítottak át üvegháznak a mediterrán, ausztráliai és új-zélandi növények átteleltetésére. 1969 őszén készült el a hidegház, amit 1997-ben felújítottak és bővítettek. Ez Magyarország legnagyobb teleltetőháza.
Az 1980-90-es években újra burkolták az üvegházakhoz vezető utat, kijavították az omladozó kőkerítést, korszerűsítették a kerti öntözőrendszert, iszaptalanították a tórendszert. Az új pálmaház háromhajós, alacsonyabb része 1985-ben, a 15 m magas főhajó 1987 végére készült el.
2010-ben indították el az 5 éves Life+, vagyis a vadon élő növények génbanki megőrzéséért programot az Európai Unió és a Vidékfejlesztési Minisztérium támogatásával. A Pannon Magbank keretében a magminták bázis és aktív tárolás keretében kerülnek megőrzésre Tápiószelén. Az aktív gyűjtemény duplikátumai Vácrátóton kerülnek elhelyezésre. A projekthez kapcsolódó kiállítás 2013-ban készült el, játékos formában szól a projektről és a maggyűjtés fontosságáról. 2012 januárjától a kutatóintézet az MTA Ökológiai Kutatóközpont része.
